Der Leiter des Institutes für Pharmakologie ist Vorsitzender der AMK, die Geschäftsführung wird durch die Apotheke übernommen.
Gebildet wurde diese AMK bereits 1984, gemäß Erlass des Bremer Senators für Gesundheit. Die Mitglieder der AMK werden durch die senatorische Dienststelle ernannt. Alle wesentlichen Fachbereiche der angeschlossenen Krankenhäuser sollten durch einen Vertreter repräsentiert sein.
Die Kommission tagt bis zu sechsmal pro Jahr. Ärzte aus den angeschlossenen Krankenhäusern haben die Möglichkeit, Anträge auf "Listung" bestimmter Arzneimittel an die Apotheke zu stellen. Die Anträge werden dann auf der nächsten Sitzung behandelt. Grundlage der Entscheidung stellen bevorzugt die Ergebnisse klinischer Studien mit hoher methodischer Qualität dar.
Unter anderem wurde durch die AMK ein Leitfaden zur Antibiotikatherapie entwickelt, welcher allen Mitarbeitern in Form einer Kitteltaschenversion zur Verfügung steht.

Für den Versorgungsbereich der Bremer Zentralapotheke, etwa 4.000 Betten, besteht eine Arzneimittelkommission (AMK). Wesentliche Aufgabe der AMK ist die Erstellung und regelmäßige Überarbeitung einer Arzneimittelliste. Diese Liste soll eine qualitativ hochwertige, sichere und wirtschaftliche Arzneimitteltherapie in den angeschlossenen Krankenhäusern gewährleisten.